Desde hace siglos dos familias se disputan, de alguna manera, el control de Japón. Los Sumeragi son conocidos como los protectores de la paz, son maestros del onmyoju y se esfuerzan por traer la armonía al mundo y ayudar a los necesitados. Sus enemigos acérrimos son los Sakuratsuka, un clan de ninjas asesinos cuyo líder es también conocido como el Sakuratsukamori, un asesino despiadado que no alberga sentimientos.
Desde hace ya generaciones ambos clanes han estado enfrentados, y muchos Sumeragi han muerto a manos de las ilusiones mortales del Sakuratsukamori de turno. Incluso el padre del actual líder sucumbió ante el enemigo. En la actualidad, Subaru Sumeragi, de tan sólo 16 años, es el líder de su familia, pero quizá es demasiado joven para ese cargo. Educado por su abuela, una dama muy estricta, Subaru se traslada con su gemela Hokuto a la capital japonesa, donde se gana la vida practicando sus artes y ayudando a los demás.

Sinopsis de Planetacomic.

NOTAS:
- Tokyo Babylon fue adaptada en anime en forma de dos OVA's y también cuenta con una película de acción real titulada Tokyo Babylon 1999.