Lost Universe se centra en la pelea entre las fuerzas de la luz y la oscuridad, representadas por nuestros protagonistas (Kane Blueriver, Canal Vorfeed y Millenium Feria Nocturn o Milly) y sus enemigos (Nightmare, Stargazer & Co.).

En este universo alterno hubo una civilización que creo los Lost Ships, los cuales se alimentan de la energía psy que sólo seres especiales pueden manejar. Kane tiene en su poder el Sword Breaker, un Lost Ship muy especial herencia de su abuela (con Canal incluida).

Ellos son Trouble Contractors, lo cual quiere decir que toman trabajos extraños y peligrosos. Lost Universe podría definirse en pocas palabras como un crossover entre Slayers y Star Wars.

NOTA: Ivrea lo ha editado en medio tomo, así que hay 6 tomos en la edición española.

Existe también una historia única autoconclusiva: Lost Universe Special.